Covid-19 en France :  nouvelles modalités de déclaration et de surveillance depuis le 1er juillet 2023

Dans un contexte de faible circulation du SARS-CoV-2 en France métropolitaine et d'outre-mer, le système de signalement et de surveillance épidémiologique de cette maladie évolue. 

Covid-19 : maladie à déclaration obligatoire 

Selon l'arrêté du 30 juin 2023 [1], la Covid-19 est ajoutée à la liste des maladies à déclaration obligatoire (MDO). 

Ce dispositif, qui s'applique désormais à 37 maladies (infectieuses ou non infectieuses), permet d'alerter les autorités de santé en cas d'augmentation anormale du nombre de déclarations de cas, afin :

• d'agir rapidement si une intervention urgente apparaît nécessaire pour protéger la population. En 2014 par exemple, l'augmentation des cas de bilharziose urogénitale liés à la baignade en Corse du sud a conduit à interdire certains lieux de baignades dans cette zone ; 
• de prévenir les risques associés à ces pathologies, tels qu'un risque d'épidémie pour les maladies infectieuses.

Ce dispositif repose sur la transmission de données par les médecins et les biologistes (libéraux et hospitaliers) aux médecins inspecteurs de santé publique (Misp) et leurs collaborateurs des agences régionales de santé (ARS).

Les fiches de notification associées à chaque maladie à déclaration obligatoire sont téléchargeables sur le site de Santé publique France. Pour l'infection par le VIH et la tuberculose, les déclarations peuvent être effectuées en ligne, via l'outil de télédéclaration e-do. 

L'ajout de la Covid-19 en tant que maladie à déclaration obligatoire était évoqué depuis plusieurs mois, comme l'indique notamment cette réponse faite en novembre 2021 par le Gouvernement au député Christophe Blanchet : « La loi du 11 mai 2020 a rendu obligatoire la transmission des données individuelles relatives à la Covid-19 conformément aux dispositions applicables aux maladies à déclaration obligatoire. Il est bien envisagé d'introduire la Covid-19 comme maladie à signaler dans le cadre du dispositif fixé par l'article L. 3113-1 du Code de la santé publique dès lors que l'incidence le permettra et que les dispositions de la loi du 11 mai 2020 précitée ne seront plus en vigueur ».

À la date du 18 juillet 2023, la liste des maladies à déclaration obligatoire sur le site de Santé publique France n'a pas été actualisée pour y ajouter la Covid-19 ; les modalités de déclaration de la Covid-19 ne sont pas précisées. 

Fin du SI-DEP, mais la surveillance épidémiologique et virologique continue

En parallèle, les modalités de surveillance de la circulation du SARS-CoV-2 sur le territoire national ont évolué depuis le 1^er juillet 2023 [2] : 

• conformément à la loi n°2022-1089 du 30 juillet 2022, l'enregistrement des résultats de tests RT-PCR et antigéniques sur le système d'information du dépistage (SI-DEP) n'est plus possible. Le traitement des données personnelles issues de cette plateforme est arrêté. De même, le tableau de bord InfoCovidFrance n'est plus alimenté. Enfin, le système d'information pour le suivi des victimes SI-VIC permettant la remontée des informations hospitalières concernant les patients atteints de la Covid-19 est arrêté ;
• les indicateurs de surveillance virologiques (évolution hebdomadaire) sont désormais produits à partir : 
  • du dispositif de surveillance syndromique (cf. Encadré) SurSaUD (Surveillance sanitaire des urgences et des décès), qui s'appuie sur les indicateurs des recours aux associations SOS médecins pour les soins de ville, les passages aux urgences hospitalières via le réseau OSCOUR (Organisation de la surveillance coordonnée des urgences) et les indicateurs de mortalité (décès toutes causes de l'Insee et issues de la certification électronique des décès CepiDC). Les bulletins SurSaUD sont publiés chaque semaine ;
  • du dispositif de surveillance génomique réalisée par le consortium Emergen, pour identifier l'émergence de nouveaux variants. Emergen est coordonné par Santé publique France et l'ANRS-Maladies infectieuses émergentes. L'analyse des risques pour les variants est publiée chaque mois.

En résumé, la surveillance épidémiologique de la Covid-19 est intégrée progressivement dans le dispositif de surveillance des épidémies respiratoires, comme la grippe saisonnière et la bronchiolite. 

Santé publique France indique que cette nouvelle stratégie de surveillance de la Covid-19 sera pleinement déployée en début de saison 2023-2024.